Фёдор Фёдорович Федотов известен, прежде всего, как незаурядный врач-офтальмолог, внедривший в практику эхобиотермию, электрофизиологические методы диагностики и лечения глаз, контактную коррекцию зрения, лазерное лечение, позволившие проводить диагностическую и лечебную работу на самом высоком уровне.
В 1996 году он внедрил в практическую работу Горно-Алтайского офтальмологического диспансера авторскую компьютерную программу «АРМ врача-офтальмолога». По сути, это первая в России комплексная программа, охватывающая весь спектр проблем поликлинической офтальмологии, получившая высокое признание и широкое применение. Врач-офтальмолог высшей категории, Фёдор Федотов в 2005 году в диссертационном совете при Красноярской госакадемии защитил первую в истории офтальмологии Республики Алтай кандидатскую диссертацию. В 2008 году ему присвоено почётное звание «Заслуженный врач Российской Федерации».
С 2007 до 2019 года Фёдор Фёдорович Федотов возглавлял Медицинский информационно-аналитический центр. В 2011 году была создана Ассоциация врачей Республики Алтай, стал её председателем и возглавлял до 2018 года. В 2012 году избран членом Общественной палаты Республики Алтай. Его отличают высокий долг, профессионализм, ответственность, дух созидания. Коллег восхищают его оптимизм, упорство, умение преодолевать трудности и добиваться желанного результата. И при этом он всегда был и остаётся открытым, доброжелательным, отзывчивым человеком, к которому всегда тянутся люди. Сейчас продолжает оставаться Почетным Председателем Правления Ассоциации врачей Республики Алтай.
В последние годы Фёдор Фёдорович целенаправленно и настойчиво исследует «белые пятна» истории здравоохранения Горного Алтая. Благодаря этому ему удалось создать на сайте раздел, в котором отображены основные разделы по истории Горного Алтая, этапах становления здравоохранения региона, истории всех медицинских организаций, а также биографические данные обо всех медицинских работниках, трудившихся в Горном Алтае, начиная с XIX века, найденных в различных архивах и других источниках (около 7000 человек).